만 13세가 된 수습 마녀는 어엿한 마녀가 되기 위해
다른 마을에 가서 1년 동안 부모를 떠나 자립해서 수행해야 하는데,
이윽고 키키가 만 13세가 되자 마녀가 없는 마을을 찾아 여행을 떠나고, 대도시에 도착한다.
하지만 그곳에 마녀를 반겨주는 사람은 없었고 키키는 풀죽어 마을을 헤매다
마음씨 좋은 빵집 주인 오소노를 만나고
그 곳에서 살면서 마녀의 빗자루 타는 능력을 활용해 택배 사업을 시작한다.

한편, 하늘을 나는 것에 관심이 많은 소년 톰보와 자상한 성격의 할머니,
자유분방한 여성 화가 우르술라등을 만나면서 키키는 점점 성장해 나가는데…